Засновником (власником) ЗДО № 89 є територіальна громада міста Запоріжжя в особі Запорізької міської ради.
Органом управління ЗДО № 89 є департамент освіти і науки Запорізької міської ради та його відокремлений структурний підрозділ – Лівобережний відділ освіти департаменту освіти і науки Запорізької міської ради.
Відповідно до ст. 24 Закону України «Про освіту», управління закладом освіти здійснюють: засновник (засновники), керівник закладу освіти, колегіальний орган управління закладу освіти, колегіальний орган громадського самоврядування, інші органи, передбачені спеціальними законами та/або установчими документами закладу освіти.